Im Jahr 762 gegründet, gehört Schäftlarn zu den bayerischen Urklöstern. Als Gründer gilt ein Priester Waltrich, der die Gründung dem bischöflichen Stuhl in Freising als Eigenkloster übergibt; als Kanonikerstift geht es in den Ungarnwirren unter.

Bischof Otto von Freising erweckt 1140 das klösterliche Leben neu und übergibt Schäftlarn den Prämonstratenser-Chorherren aus dem schwäbischen Ursberg. Vom 12. bis zum 16. Jahrhundert entsteht eine große Zahl teilweise prächtig geschmückter Handschriften.

1702 bis 1706  werden unter der Leitung von Giovanni Antonio Viscardi die Klostergebäude in barocker Manier neu errichtet. Ab 1733 wird die Klosterkirche als Glanzstück des süddeutschen Spätbarock neu erbaut. 1803 zerstört die Säkularisation das blühende klösterliche Leben.

König Ludwig I. von Bayern errichtet Schäftlarn 1866 als Benediktinerpriorat neu und verpflichtet es zur Führung einer Lateinschule.